Il 18 marzo del 1848 Venezia insorge contro gli Austriaci proclamando la Repubblica di S. Marco e, con le truppe imperiali comandate dal conte Ferdinando Zichy, deve lasciare il liceo e la città anche padre Michalich. E' sostituito dall'abate Pietro Magrini, che non riceve una regolare investitura (firma sempre atti e documenti con la sigla "ff", facente funzione), ma regge l'incarico fino al 1850, destreggiandosi in quei difficoltosi tempi di ribaltamento politico con diplomazia.

Nell'archivio del Liceo si registrano gli interventi che il governo rivoluzionario del 1848-49 compie nell'organizzazione scolastica della città. Già nell'aprile del '48 il Ministro del Culto e dell'Istruzione Pubblica Nicolò Tommaseo esorta le segreterie scolastiche, attraverso il Magistrato Politico Provvisorio, a stilare in forma meno articolata e dispersiva le relazioni periodiche inviate alle autorità. Queste devono essere siglate con il nuovo timbro del Leone di S. Marco, simbolo del nuovo governo repubblicano e devono esporre "in poche parole l'essenza dei fatti". Per sostenere la rivoluzione e per fronteggiare la congiuntura economica è richiesto ai cittadini, dipendenti pubblici e pensionati, un contributo economico, stabilito per decreto nell'estate del '48 e poi sospeso nel '49, in quanto la popolazione è già colpita dalla carestia dovuta all'assedio austriaco.

Anche la scuola deve ridurre le sue uscite finanziarie: lo Studio Filosofico è invitato a limitare le spese della cancelleria dal Magistrato Politico Provvisorio. Tra le varie riforme, il nuovo governo considera quella del sistema scolastico una delle più urgenti; a tale scopo nomina una commissione composta da intellettuali ed educatori di fama riconosciuta, tra cui alcuni professori del Liceo di S. Caterina, definiti, secondo l'uso rivoluzionario, semplicemente "cittadini".

Già nel novembre del '48, a testimonianza della fervida attività legislativa, vengono inviate a tutti gli istituti scolastici le nuove "Disposizioni generali e speciali". Ma l'ondata patriottica travolge anche la regolarità della vita scolastica: le lezioni non sono svolte con la consueta pianificazione e la frequenza dei ragazzi presenta caratteri di forte saltuarietà.

Alcuni docenti, compromessi con il Governo Austriaco o timorosi degli avvenimenti "rivoluzionari", lasciano Venezia e raggiungono i luoghi natii, lontani dai punti caldi di lotta politica; altri, come i professori Antonio Rizzardini, Jacopo Bernardi e Pacifico Valessi, non solo si espongono per le loro idee progressiste e liberali, ma sostengono e aiutano i cittadini ed i difensori veneziani, provati dalla pesante carestia, durante il duro assedio austriaco.

Giovani allievi militano nella cosiddetta "Legione della Speranza", che raccoglie combattenti volontari appartenenti alla borghesia cittadina e si ricordano gli studenti del Liceo Osalco Montalban, Giacomo Gervasio e Alessandro Fanton, caduti sotto il fuoco austriaco.

I bombardamenti coinvolgono anche il Liceo Convitto, tanto che si provvede al trasferimento temporaneo della scuola presso il collegio "Allievi Militari di Marina" a S. Anna per garantire l'incolumità dei ragazzi rimasti.

Il sogno indipendentista, se non proprio rivoluzionario, di tutta una città si spegne con la resa nell'agosto del 1849.